Με σειρά αποφάσεων του Δ΄ τμήματος του Συμβουλίου της Επικρατείας απορρίφθηκαν οι προσφυγές 111 κατοίκων του Βοτανικού κατά της κατασκευής Ισλαμικού Τεμένους στην περιοχή τους. Αρχικά είχε προσφύγει στο ΣτΕ και ο Μητροπολίτης Πειραιώς κ. Σεραφείμ, αλλά κατά την συζήτηση της υπόθεσης στο ακροατήριο δεν παραστάθηκε.
Ο θρησκευτικός χώρος πρόκειται να κατασκευαστεί σε έκταση 850 τμ και θα έχει χωρητικότητα 300 ανδρών και 50 γυναικών. Συγκεκριμένα, πρόκειται να ανεγερθεί σε έκταση 17 στρεμμάτων στο παλαιό συνεργείο αυτοκινήτων του Πολεμικού Ναυτικού στη περιοχή του Ναυτικού Οχυρού στον Βοτανικό.
Το Δ΄τμήμα του ΣτΕ (πρόεδρος Δημοσθένης Πετρούλιας και εισηγήτρια Ουρανία Νικολαράκου) απέρριψε ως αβάσιμους όλους τους ισχυρισμούς των κατοίκων, επισημαίνοντας μεταξύ πολλών άλλων πως κατά την ανέγερση ναών λατρευτικών χώρων δεν απαιτείται να τηρείται η διαδικασία της εκτίμησης των επιπτώσεων στο περιβάλλον.
Επιπλέον, το ΣτΕ τονίζει πως η ανέγερσή ναών δεν συνιστά επιδείνωση του περιβάλλοντος της περιοχής ή ρύθμιση μη συμβατή με τον πολεοδομικό σχεδιασμό. Επιπλέον, το Ανώτατο Ακυρωτικό Δικαστήριο της χώρας επισημαίνει στην απόφαση του πως η ανέγερση δεν αντιβαίνει στο νέο Οικοδομικό Κανονισμό.
Το 2014 είχαν απορριφθεί από το ΣτΕ οι προσφυγές κατά της χρηματοδότησης του Τεμένους.