Τεράστιο έλλειμμα που ξεπερνά τα 2,6 δισ. ευρώ και απειλεί την ομαλή λειτουργία του ΕΟΠΥΥ καταγράφεται στα έσοδα του Οργανισμού από τις εισφορές ασφαλισμένων. Τα ασφαλιστικά ταμεία, από το 2012 που δημιουργήθηκε ο ΕΟΠΥΥ έως και σήμερα, δεν αποδίδουν το σύνολο των εισφορών Υγείας των ασφαλισμένων τις οποίες έχουν ήδη εισπράξει, με αποτέλεσμα να συσσωρεύονται διαρκώς χρέη τα οποία πλέον έχουν εκτιναχθεί σε δυσθεώρητα ύψη.
Σύμφωνα με την "Καθημερινή της Κυριακής", η κατάσταση είναι ιδιαίτερα δύσκολη, ειδικά τα τελευταία δύο έτη και παρά το γεγονός ότι αυξήθηκαν οι εισφορές των ασφαλισμένων υπέρ ΕΟΠΥΥ. Μόνο για το 2015 τα ασφαλιστικά ταμεία χρωστούν στον ΕΟΠΥΥ το ποσό των 895 εκατ. ευρώ, ενώ οι οφειλές του 2016 είχαν φτάσει τον περασμένο Σεπτέμβριο στα 695 εκατ. ευρώ. Σε αυτά τα ποσά έρχονται να προστεθούν και παρακρατήσεις Ταμείων για λειτουργικές δαπάνες, η νομιμότητα των οποίων εξετάζεται.
Ειδικότερα, σύμφωνα με τα στοιχεία του ΕΟΠΥΥ, οι οφειλές των Ταμείων από εισφορές Υγείας που έχουν εισπραχθεί αλλά δεν έχουν καταβληθεί στον Οργανισμό, έως και τον Σεπτέμβριο του 2016 ανέρχονταν στα 2,270 δισ. ευρώ. Επιπρόσθετα, το ΙΚΑ ΕΤΑΜ έχει παρακρατήσει από το 2012 έως τον περασμένο Σεπτέμβριο 347 εκατομμύρια ευρώ, κυρίως ως αποζημίωσή του για δαπάνες διαχείρισης διοίκησης που παρέχει στον ΕΟΠΥΥ. Οι κρατήσεις αυτές δεν προβλέπονται από νομοθετική ρύθμιση, αλλά από απλή απόφαση του Δ.Σ. του Ιδρύματος.
Τα μεγαλύτερα χρέη προς τον ΕΟΠΥΥ έχει το ΙΚΑ ΕΤΑΜ. Από το 2012 έως και τον περασμένο Σεπτέμβριο δεν είχε καταβάλει εισφορές στον ΕΟΠΥΥ ύψους 1,163 δισ. ευρώ, ενώ οι σχετικές οφειλές τους πρώτους εννέα μήνες του 2016 ανέρχονταν στα 344 εκατ. ευρώ. "Κακοπληρωτής" είναι και ο ΟΑΕΕ, με χρέη που ανέρχονται συνολικά στα 964 εκατ. ευρώ (315 εκατ. ήταν τον Σεπτέμβριο οι οφειλές του 2016). Αντίθετα, συνεπές είναι το ΕΤΑΑ που συνολικά οφείλει 65,7 εκατ. ευρώ, κυρίως από το 2012 και 2013, αφού έκτοτε αποδίδει τις εισφορές και παράλληλα "καλύπτει" μέρος των οφειλών από προηγούμενα έτη.
Από τα στοιχεία αυτά προκύπτει ότι εάν ο ΕΟΠΥΥ λάμβανε κανονικά τις εισφορές των ασφαλισμένων, θα κάλυπτε τις οφειλές του προς γιατρούς, διαγνωστικά κέντρα, ιδιωτικές κλινικές, φαρμακεία, φαρμακευτικές εταιρείες και ασφαλισμένους. Οι ληξιπρόθεσμες οφειλές προς παρόχους υπηρεσιών υγείας έως τον Σεπτέμβριο 2016 ανέρχονταν σε 1,8 δισ. ευρώ –όπως αναφέρεται στην εισηγητική έκθεση του κρατικού προϋπολογισμού 2017– από τις οποίες μάλιστα δεν έχουν αφαιρεθεί "εκπτώσεις" από rebate και claw back που δεν είχαν συμψηφιστεί ακόμα. Σημειώνεται ότι σύμφωνα με πρόσφατη νομοθετική ρύθμιση (ψηφίστηκε τέλος Οκτωβρίου), ο ΕΟΠΥΥ λαμβάνει χρηματοδότηση από τον κρατικό προϋπολογισμό για την εξόφληση ληξιπρόθεσμων οφειλών που χρονολογούνται πριν από τη δημιουργία του (χρέη των Ταμείων, οι κλάδοι υγείας των οποίων εντάχθηκαν στον ΕΟΠΥΥ) έως και τον Ιανουάριο 2016, όταν ξεκίνησε να εφαρμόζεται ο νέος τρόπος εκκαθάρισης των οφειλών του ΕΟΠΥΥ, με δειγματοληπτικό έλεγχο.
Το πρόβλημα της καθυστέρησης καταβολής εισφορών στον ΕΟΠΥΥ από τα ασφαλιστικά ταμεία ανέδειξε και η Ν.Δ. σε ερώτηση που κατέθεσαν, προς τους υπουργούς Υγείας και Εργασίας, 22 βουλευτές της.